四川省WGS与外显子组测序与分析招标公告（四川省妇幼保健院(四川省妇女儿童医院)2024）
四川省妇幼保健院人体标本的WGS与外显子组测序与分析(三次)竞争性磋商采购公告
项目概况
人体标本的WGS与外显子组测序与分析(三次)的潜在供应商应在四川省政府采购一体化平台项目电子化交易系统（以下简称“项目电子化交易系统”）获取采购文件，并于 2024年04月08日 14时30分 （北京时间）前提交响应文件。
一、项目基本情况
项目编号：N5100012023003153
项目名称：人体标本的WGS与外显子组测序与分析(三次)
采购方式：竞争性磋商
预算金额：800,000.00元
采购需求：详见采购需求附件
合同履行期限：
采购包1：合同签订生效后一年
本项目是否接受联合体参与：
采购包1：不接受联合体投标
二、申请人的资格要求：
1.满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定;
2.落实政府采购政策需满足的资格要求：
采购包1：无
3.本项目的特定资格要求：
采购包1：
详见附件内容
三、获取采购文件
时间：2024年03月27日至2024年04月03日，每天上午00:00:00至12:00:00，下午12:00:00至23:59:59（北京时间）
途径：项目电子化交易系统-投标（响应）管理-未获取采购文件中选择本项目获取采购文件
方式：在线获取
售价：0元
四、响应文件提交
截止时间：2024年04月08日 14时30分00秒（北京时间）
地点：中国（四川）自由贸易试验区成都市高新区天府四街66号1栋17层
五、开启
时间：2024年04月08日 14时30分00秒（北京时间）
地点：中国（四川）自由贸易试验区成都市高新区天府四街66号1栋17层
六、公告期限
自本公告发布之日起3个工作日。
七、其他补充事宜
本项目采购过程中需要使用四川省政府采购一体化平台，登录方式及地址：通过四川政府采购网（www.ccgp-sichuan.gov.cn）首页供应商用户登录，供应商应当按照以下要求进行系统操作。
（一）供应商应当自行在四川政府采购网-办事指南查看相应的系统操作指南，并严格按照操作指南要求进行系统操作。在登录、使用采购一体化平台前，应当按照要求完成供应商注册和信息完善，加入采购一体化平台供应商库。
（二）供应商应当使用纳入全国公共资源交易平台（四川省）数字证书互认范围的数字证书及签章（以下简称“互认的证书及签章”）进行系统操作。供应商使用互认的证书及签章登录采购一体化平台进行的一切操作和资料传递，以及加盖电子签章确认采购过程中制作、交换的电子数据，均属于供应商真实意思表示，由供应商对其系统操作行为和电子签章确认的事项承担法律责任。
已办理互认的证书及签章的供应商，校验互认的证书及签章有效性后，即可按照系统操作要求进行身份信息绑定、权限设置和系统操作；未办理互认的证书及签章的供应商，按要求办理互认的证书及签章并校验有效性后，按照系统操作要求进行身份信息绑定、权限设置和系统操作。互认的证书及签章的办理与校验，可查看四川政府采购网-办事指南。
供应商应当加强互认的证书及签章日常校验和妥善保管，确保在参加采购活动期间互认的证书及签章能够正常使用；供应商应当严格互认的证书及签章的内部授权管理，防止非授权操作。
（三）供应商应当自行准备电子化采购所需的计算机终端、软硬件及网络环境，承担因准备不足产生的不利后果。
（四）采购一体化平台技术支持：
在线客服：通过四川政府采购网-在线客服进行咨询
400服务电话：4001600900
CA及签章服务：通过四川政府采购网-办事指南进行查询
计划编号：51000023210200030734[2023]08982。 采购品目名称C04990000 其他医疗卫生服务。 监督管理部门：四川省财政厅政府采购投诉处理中心，联系电话：028-86723581、028-86723539、028-86723553。 本项目需要落实的政府采购政策：促进中小企业发展、促进监狱企业发展、促进残疾人福利性单位发展、扶持不发达地区和少数民族地区。采购预算：80万元 单价最高限价：833元/例
八、凡对本次采购提出询问，请按以下方式联系。
1.采购人信息
名称：四川省妇幼保健院
地址：成都市武侯区沙堰西二街290号
联系方式：赵老师028-65978224
2.采购代理机构信息
名称：四川国际招标有限责任公司
地址：中国（四川）自由贸易试验区成都市高新区天府四街66号2栋22层1号
联系方式：张女士13281460462
3.项目联系方式
项目联系人：张女士
电话：13281460462
四川国际招标有限责任公司
2024年03月26日
相关附件：
采购需求.docx
附件.docx
采购项目技术、服务、政府采购合同内容条款及其他商务要求前提：本章采购需求中标注“★”号的条款为本次磋商采购项目的实质性要求，供应商应全部满足。一、项目概述本项目共1个包，采购600例WES科研测序二、项目清单序号包号品目号标的名称数量单价最高限价（元/例）所属行业数量10101-01WES科研测序600例833其他未列明行业拟采购1名服务供应商★三、商务要求1.服务期限：合同签订生效后一年。2.付款方式及时间：服务费按月核算并支付，结合成交单价据实结算检测费用，由采购人支付，采购人每次付款前，成交供应商须提供合法有效完整的完税发票，采购人在收到成交供应商发票后30日内支付服务费。3.服务地点：采购人指定地点4.履约方式：成交供应商根据采购人检验通知，按时完成项目检验。5.履约验收：①履约验收主体：四川省妇幼保健院②履约验收时间：供应商提出验收申请之日起30日内组织验收③验收组织方式：自行验收④履约验收程序：分期验收⑤技术履约验收内容：按照本项目采购文件中“技术、服务要求”及成交人响应文件进行验收。⑥商务履约验收内容：按照本项目采购文件中“商务要求”及成交人响应文件进行验收。⑦履约验收标准：本项目采购人将严格按照《财政部关于进一步加强政府采购需求和履约验收管理的指导意见》（财库〔2016〕205号）等政府采购相关法律法规的要求进行验收。四、技术服务要求：1.捕获试剂盒：★1.1供应商使用的人全外显子测序产品是商业化试剂盒，捕获试剂盒探针设计更新时间不早于2021年。▲1.2使用该捕获试剂盒发表的英文文章10篇以上（提供文章）。▲1.3文库构建探针采用国产自主研发的人类全外显子组捕获试剂盒（提供证明材料）。1.4在文库构建过程中采用避免因扩增引起干扰测序质量的方法（PCR-free等）（提供证明材料）。1.5全外实现痕量DNA检测，可进行痕量建库及测序，在保证测序质量的前提条件下，DNA总量低至50ng为痕量建库（需提供产品彩页）。1.6能在不高于合同单价基础上及时更换文库构建试剂盒至最新版本或支持捕获探针优化。★2.全外显子测序产品的目标区域至少包括人类2万个以上功能基因的CDS区域和线粒体基因组序列，试剂盒捕获目标区域不小于36M，需提供目标区域的bed文件。检测的突变类型包括SNV，InDel，SV，CNV等突变。★3.每个样本全外显子测序数据总量不低于10G(base)，外显子区域的平均测序深度不低于100X，线粒体基因组的平均测序深度不低于2000X，外显子区域20x测序深度的百分比不低于97%。测序数据Q30的百分比>90%，测序数据的碱基类型分布均匀，无明显GC分离（40%-55%）。供应商需提供不低于100例真实样本的测序数据统计结果表作为证明材料。4.每个样本均对应有唯一分子序列识别标记，预警样本混淆（需提供完整质控SOP文件）。5.供应商需提供如下的生信分析内容：★5.1对全外显子测序数据进行质量评估，包含原始数据说明，测序数据过滤和文库质量统计；★5.2对全外显子测序数据进行突变分析，包括SNP和Indel突变的检测和注释，CNV的检测和注释，SV的检测和注释。★5.3对检出的突变位点做高级分析，包括突变位点的意义评价，质量值评价，位置筛查，有害性分类，有害性预测等；★5.4对多个样本的全外数据进行基础分析，包括共有突变基因筛选，样本亲缘关系质控，显隐性突变筛选，新生突变筛选，候选基因富集分析等。★5.5对多个样本的全外数据进行关联分析，包括质量控制，卡方检验，Fisher精确检验，Logistic回归分析，基于基因的关联分析，曼哈顿图与Q-Q图分析等★6.供应商返回的数据文件类型包括：FastQ、bam、vcf、CNVcalling结果、注释后的EXCEL文件（包含必要的变异位点信息、变异在各公共数据库以及内部数据库发生频率、致病性预测等），初步的候选变异分析结果。数据传输需安全合理，可通过硬盘（公司提供）邮寄等。实验原始图像和数据都可进行电子存档，随时查阅。▲7.供应商提供基因变异在线分析软件，进行生信分析所用的数据库包括公共数据库（ClinVar,OMIM,ExAc，HGMD，dbSNP等）和供应商自有中国人群数据库样本（患者和正常人）。分析系统采用表型驱动及基因型驱动两种模式进行分析。▲8.基因变异在线分析软件包括变异位点检测系统和变异位点注释系统的生信分析平台，允许其对检测数据进行数据库比对注释分析；在家系分析过程中可进行亲缘关系分析、性别质控等（提供相应系统的截图和产权证明文件）。9.供应商数据分析软件支持不同类型数据（fsatq，vcf）进行分析,数据分析软件支持2套生信流程分析；系统支持bed文件上传，及对应CNV参考集的构建，用于CNV的分析。具备Hg19和Hg38两个参考基因组版本生信分析流程（提供不同版本的检测报告）。10.基因变异在线分析软件具有软件著作权，且有SCI文献支持（提供完整文献）。11.供应商应具有对NGS检出的变异进行验证的能力，需提供后续验证的相关技术方案证明材料或者支撑材料：如SNV/INDEL：一代测序（Sanger测序）；CNV：cnvseq，MLPA，长片段PCR；ROH/UPD：SNP芯片，MS-MLPA等，每种变异类型至少一种验证方案。▲12.供应商提供对SNV/INDEL候选变异位点进行家系Sanger验证。★13.全外显子测序项目须保证在供应商的实验室完成检测，不允许转包（提供高通量测序仪采购合同，提供供应商实验室独立开展检测的承诺）；★14.全外显子测序的数据分析结果在收到样本后30个工作日内完成；★15.供应商需上门接收样本，使用冷链进行运输；接收样本开始5个工作日内反馈所接收样本质检情况（通过电话及邮件方式反馈样本质检信息）。★16.所有样本除实验使用消耗，剩余组织样本（外周血/羊水/绒毛/脐血/其它组织等）、DNA样本及后续实验过程中中间产物、文库等全过程中产物按要求保存至少半年，如有需要，需提供回寄服务。如果样本另外它用，必须经过采购人书面同意。3.本项目的特定资格要求：3.1供应商具有有效的《中华人民共和国医疗机构执业许可证》（须具有医学检验执业范围）；3.2供应商具有临床基因扩增检验实验室资质（以供应商提供的临床检验主管部门出具的批复文件或实验室认定证书复印件为评审依据）。
投标 / 标书制作要点（原创）
本WGS与外显子组测序与分析涉及「招标公告」，投标方需重点关注：① 营业执照经营范围须含招标公告或对应服务类目；② 提供同类项目业绩证明；③ 报价方案与售后响应须明确；④ 紧盯投标截止与开标节点，建议提前完成标书制作与盖章。四川省项目常要求本地化服务能力与快速响应，务必在投标文件中凸显。
标书制作联系冯经理：17551026086
