新疆单细胞转录组测序 转录组测序招标公告（新疆生产建设兵团第七师医院2025）
一、项目信息
项目名称：第七师医院购置单细胞转录组测序、蛋白组学测定、有参转录组测序在线询价
项目编号：62025061605535668项目联系人及联系方式：张安新13579179012
报价起止时间：2025-06-16 18:46 -2025-06-19 15:00
采购单位：新疆生产建设兵团第七师医院
供应商规模要求：-
供应商资质要求：-
供应商基本要求：基本资格要求: 符合《中华人民共和国政府采购法》第二十二条的规定。
二、采购需求清单
商品名称
参数要求
购买数量
控制金额(元)
意向品牌
单细胞转录组测序
核心参数要求:商品类目: 转录组测序; 采购人需求描述:1.依据《医疗器械监督管理条例》第四十五条规定为保证产品供货渠道安全有效，确保产品为生产厂家生产产品，投标方需在送货时将相关资质证明递交采购单位收货部门；并按科室需求送货到指定地点。2.投标方在投标前需联系采购方代表对此次采购货物进行详细确认，不符合甲方要求的，视为无效报价。甲方联系电话：13579179012;次要参数要求:单细胞转录组测序:具体要求详见上传附件。;
8个
112000.00
-
有参转录组测定
核心参数要求:商品类目: 转录组测序; 采购人需求描述:1.依据《医疗器械监督管理条例》第四十五条规定为保证产品供货渠道安全有效，确保产品为生产厂家生产产品，投标方需在送货时将相关资质证明递交采购单位收货部门；并按科室需求送货到指定地点。2.投标方在投标前需联系采购方代表对此次采购货物进行详细确认，不符合甲方要求的，视为无效报价。甲方联系电话：13579179012;次要参数要求:有参转录组测定:具体要求详见上传附件。;
35件
21000.00
-
蛋白组学测定
核心参数要求:商品类目: 蛋白组学分析; 采购人需求描述:1.依据《医疗器械监督管理条例》第四十五条规定为保证产品供货渠道安全有效，确保产品为生产厂家生产产品，投标方需在送货时将相关资质证明递交采购单位收货部门；并按科室需求送货到指定地点。2.投标方在投标前需联系采购方代表对此次采购货物进行详细确认，不符合甲方要求的，视为无效报价。甲方联系电话：13579179012;次要参数要求:蛋白组学测定:具体要求详见上传附件。;
30个
30000.00
-
买家留言：明细报价，并标注所投产品的型号、规格、生产厂家，为保证产品来源渠道正规，确保产品为生产厂家生产产品。依据《医疗器械监督管理条例》第四十五条规定要求上传试剂相关资质。
附件：有参转录组测序参数.3.docx单细胞转录组测序招标参数3.doc蛋白组学测定招标参数3docx.docx
响应附件要求：响应采购需求附件，明细报价，并标注所投产品的型号、规格、生产厂家，为保证产品来源渠道正规，确保产品为生产厂家生产产品。依据《医疗器械监督管理条例》第四十五条规定要求上传试剂相关资质。
三、收货信息
送货方式:送货上门
送货时间:工作日09:00-17:00
送货期限:竞价成交后7个工作日内
送货地址：新疆维吾尔自治区 伊犁哈萨克自治州 奎屯市 北京路街道 兵团第七师医院
送货备注：-
四、商务要求
商务项目
商务要求
有参转录组测序参数一、公司资质、参数：1.投标供应商或授权代理服务公司非外资企业或非外资控股企业的书面声明，一级股东不存在外资背景并上传；2.参加本次采购活动前5年内在经营活动中没有违法违纪记录的书面声明并上传；二、产品软硬件参数类指标1.有参转录组参数指标（1）检测技术方法：二代测序（2）检测平台要求：IlluminaNovaseq60002.有参转录组测序技术参数测序策略：双端测序PE150测序量：6Gcleandata/样本；原始reads碱基质控软件：fastp(0.20.1)，--length_required50；原始reads质量评估软件：fastqc(v0.11.9)，default；基因比对软件：hisat2（2.1.0），--rna-strandnessrf--fr；基因定量软件：htseq-count（0.11.2），-sreverse；生物学重复、配对差异分析软件：DESeq2(1.22.2)，qvalue(pvalue)1；非生物学重复差异分析软件：DESeq（1.34.1），qvalue(pvalue)1；差异比较火山图；差异基因聚类热图；GO功能富集分析（富集圈图、富集气泡图、柱形图绘制、差异富集气泡图）；KEGG功能富集分析（富集圈图、富集气泡图、柱形图绘制、差异富集气泡图）；蛋白互作网络分析（PPI分析）；GSEA分析拥有自主研发的分析云平台，供用户后续进行自主分析；三、公司软实力类参数指标：投标商或授权代理服务公司需具备丰富的基因组学、蛋白质组学和代谢组学技术服务经验，且从事相关技术服务时间不低于4年。四、售后服务保障：1.投标商或授权代理服务公司拥有在1个工作日内对招标人的服务要求作出响应的能力，并提供上门服务；2.成立专业的售后服务项目组，数据分析人员至少2名；3.所有的售后修回，除需要大量重写代码的数据分析外，均不得再进行二次收费。第七师医院2025年6月16日单细胞转录组测序计数参数1.10x单细胞3’转录组测序技术方法（新鲜解离+冰冻抽核样本）:10xGenomicsChromiumTM平台采用微流控技术形成油包水微体系分离单细胞，逆转录mRNA构建带有10x标签的cDNA文库并进行二代测序；2.10x单细胞3’转录组测序技术参数：测序策略：双端测序PE150；测序平台要求：IlluminaNovaseqXplus或BGIDNBSEQ-T7；测序量：20kreads/cell，100G/sample测序量；原始数据质控预处理软件：10xgenomics官方软件CellRanger；基因比对软件：STAR（SplicedTranscriptsAlignmenttoaReference）；基因定量后质控数据标准化处理包：Seurat；拥有自主研发的分析云平台，可供用户自主进行分析；3.10x单细胞3’转录组测序分析内容:测序数据质量评估：将比对到参考基因组的结果用于计算每个样品相关测序数据质量，并提供测序数据质量及各样本细胞质量的相关统计信息；基因定量质控：在CellRanger初步质控的基础上进一步对实验数据进行质控，剔除多细胞、双细胞或者未结合上细胞的数据，进行下游分析；去除批次效应（可选）：采用互享最近邻(MNN)方法去除批次效应，从而保证样本中的异质性均来自于实验设计或者细胞类型的差异；降维聚类和可视化：使用PCA（PrincipalComponentsAnalysis,主成分分析）和UMAP或TSNE算法。基于PCA的降维结果通过UMAP或TSNE对单细胞群聚类进行可视化，聚类算法采用SNN，最终获得最优细胞分群；Marker基因鉴定与可视化：使用presto检验方法对指定细胞群与其余所有细胞群进行差异检验，筛选的条件为：logfc.threshold大于0，min.pct大于0.25，得到每个细胞群所有的Marker基因；细胞类型鉴定：一是通过SingleR包基于单细胞参考表达谱数据集进行细胞类型注释；二是将基于文献报道的对应组织中各细胞类型经典marker基因，提供人工细胞类型注释服务；差异基因表达分析：使用Seurat包的FindMarkers函数进行差异表达基因筛选，默认使用presto差异检验方法。进一步根据差异倍数（FoldChange）及显著性检验（pvalue）筛选显著的差异表达基因；差异基因功能分析：利用GO/KEGG数据库对差异蛋白编码基因进行功能注释，并用超几何分布检验方法计算每个Pathway条目中差异基因富集的显著性；基因集富集分析：使用GSEA(GeneSetEnrichmentAnalusis，GSEA)基因集富集分析和GSVA(GeneSetVariationAnalysis,)基因集变异分析，评估不同的通路在不同样品间/不同细胞群间的富集程度。细胞亚群鉴定：根据先前细胞聚类的结果，挑选感兴趣的特定细胞群进行亚群细分；拟时序分析：针对重点关注的细胞类型进行拟时序分析，通过monocle软件进行轨迹分析，探索细胞分化轨迹，描绘在细胞分化过程中基因表达的变化规律，揭示与疾病发展或者个体发育相关的关键基因；细胞间通讯：基于ligand-receptor数据库，根据不同细胞膜表面和游离的蛋白之间的ligand-receptor关系鉴定不同细胞之间可能的相互作用，这种作用包括自分泌和旁分泌。使用CellPhoneDB或CellChat软件包以细胞亚群的基因表达量数据为研究对象，获取细胞中的配体及受体信息，获得细胞间的信号通讯关系，以阐明在广泛的生物学过程中细胞间通讯的复杂性、多样性和动态性。转录因子调控网络：采用SCENIC分析转录组调控子及其靶基因的关系，找出的关键regulon中的靶基因，探索关键TF是否参与调控差异基因的变化，另一方面，通过比较不同细胞群或同一细胞群在不同分组中与各调控关系活跃性的强弱差异，确定与目标细胞群特异相关的调控网络。其他个性化分析：应用RNAVelocity分析，采用velocyto算法，通过计算细胞内mRNA剪接前后比例来估计RNA丰度随时间的变化，推断细胞的下一个可能的分化方向。应用InferCNV分析，采用几种residualexpression过滤方法减少数据中噪声信号，从而发现真正的拷贝数变异信号，并预测CNV区域，推断肿瘤单细胞转录组数据中体细胞染色体大片段变异情况。其他要求：1.需上传该类服务发表的单细胞时空多组学文章400篇以上，提供文章列表，10分以上的文章100篇以上。2.服务商或其授权的代理服务公司需具备丰富的单细胞测序的项目服务经历：从事单细胞技术服务时间不低于2年并上传证明资料。3.当地有代理的技术支持和办事处。4.能提供本项目专门的售后团队，包括技术支持和生信人员在内，以微信群、腾讯会议等方式提供售后服务，内容包括补充分析、分析思路指导、文章返修意见处理等服务，直到文章发表。第七师医院2025年6月16日蛋白组学测定参数一、蛋白质谱鉴定参数1.蛋白组检测平台：公司拥有自主产权的ThermoScientificQExactive及该系列型号或更高配置的质谱两套及以上；2.质谱数据分析软件：基于ProteomeDiscover2.4软件对质谱数据进行分析3.蛋白数据库：使用uniprot最新的Homosapiens-9606蛋白数据库，选择使用reviewed（20417条蛋白序列）搜库定性定量分析；4.检测方法：采用LC-MS/MS方式进行检测；5.质谱稳定性参数：需要对质谱仪器定期进行维护清洗并按时进行HELA标准品测试，根据HELA标准品结果评估仪器状态，确保仪器符合测样标准，需要有原始的标样数据；6.需具备丰富的蛋白质组学检测服务经验，服务商需具备丰富的蛋白质组：从事相关技术服务时间不低于4年并上传证明资料；7.拥有自主研发的分析云平台，供用户后续进行自主分析；8.需具备丰富的蛋白质组学检测服务经验：服务商或授权代理服务公司需具备丰富的蛋白质组项目服务经历：从事相关技术服务时间不低于4年并上传证明资料。二、蛋白质组检测参数1.蛋白组检测平台：公司拥有自主产权的Bruker4D-TimsTOFPro及该系列型号或更高配置的质谱两套及以上；2.质谱数据分析软件：基于Spectronaut软件对DIA数据进行分析，软件的版本号不低于SpectronautPulsar17.5（Biognosys）；3.蛋白数据库：使用uniprot最新的Homosapiens-9606蛋白数据库，选择使用reviewed（20417条蛋白序列）搜库定性定量分析；4.检测方法：采用4D-DIA/4DdirectDIA方式进行检测；5.内标质控：样本中加入iRT内标肽段，用于对保留时间进行校正，利用QC样本则对检测过程中的仪器状态进行监控；6.质谱稳定性参数：需要对质谱仪器定期进行维护清洗并按时进行HELA标准品测试，根据HELA标准品结果评估仪器状态，确保仪器符合测样标准，需要有原始的标样数据；7.需具备丰富的蛋白质组学检测服务经验，服务商或授权代理服务公司需具备丰富的蛋白质组项目服务经历：从事相关技术服务时间不低于4年并上传证明资料；8.拥有自主研发的分析云平台，供用户后续进行自主分析；9.具备自主可控及成熟稳定的数据处理和质控流程，数据可回溯；10.需具备丰富的蛋白质组学检测服务经验：（1）服务商或授权代理服务公司需具备丰富的蛋白质组项目服务经历：从事相关技术服务时间不低于4年并上传证明资料；（2）具备相关组学蛋白质组大项目服务经验；（3）针对本项目的服务实施团队，至少具有一位生物或医学类博士学位的技术人员进行负责。三、修饰蛋白质组参数1.修饰种类：可执行修饰种类包括：磷酸化、乙酰化、泛素化、N-糖基化；2.蛋白组检测平台：公司拥有自主产权的Bruker4D-TimsTOFPro及该系列型号或更高配置的质谱两套及以上；3.质谱数据分析软件：基于Spectronaut软件对DIA数据进行分析，软件的版本号不低于SpectronautPulsar17.5（Biognosys）；4.蛋白数据库：使用uniprot最新的Homosapiens-9606蛋白数据库，选择使用reviewed（20417条蛋白序列）搜库定性定量分析；5.检测方法：采用4DdirectDIA方式进行检测；6.内标质控：样本中加入iRT内标肽段，用于对保留时间进行校正，利用QC样本则对检测过程中的仪器状态进行监控；7.质谱稳定性参数：需要对质谱仪器定期进行维护清洗并按时进行HELA标准品测试，根据HELA标准品结果评估仪器状态，确保仪器符合测样标准，需要有原始的标样数据；8.需具备丰富的蛋白质组学检测服务经验，服务商或授权代理服务公司需具备丰富的蛋白质组项目服务经历：从事相关技术服务时间不低于4年并上传证明资料；9.拥有自主研发的分析云平台，供用户后续进行自主分析；10.具备自主可控及成熟稳定的数据处理和质控流程，数据可回溯；11.需具备丰富的蛋白质组学检测服务经验：（1）服务商或授权代理服务公司需具备丰富的蛋白质组项目服务经历：从事相关技术服务时间不低于4年并上传证明资料；（2）具备相关组学蛋白质组大项目服务经验；（3）针对本项目的服务实施团队，至少具有一位生物或医学类博士学位的技术人员进行负责。第七师医院2025年6月16日
投标 / 标书制作要点（原创）
本单细胞转录组测序 转录组测序涉及「招标公告」，投标方需重点关注：① 营业执照经营范围须含招标公告或对应服务类目；② 提供同类项目业绩证明；③ 报价方案与售后响应须明确；④ 紧盯投标截止与开标节点，建议提前完成标书制作与盖章。新疆项目常要求本地化服务能力与快速响应，务必在投标文件中凸显。
标书制作联系冯经理：17551026086
